队伍搭配的核心在于平衡属性克制和技能覆盖。初始精灵的选择会直接影响前期游戏体验，火系、水系和草系各有优势，火主适合对抗早期虫系和草系道馆，水主能轻松应对岩石系道馆，而草主则在对抗水系道馆时表现突出。建议根据个人操作习惯选择，不必过分纠结种族值差异，一周目的难度设计对各类初始精灵都较为友好。队伍中应当确保包含至少四种基础属性（火、水、电、草）的成员，这是应对道馆战和重要NPC对战的基本保障。
Mega进化系统的引入是XY版本的重要特色，建议优先培养能进行Mega进化的精灵如路卡利欧或喷火龙。这些精灵在获得对应Mega石后会产生质变，路卡利欧的钢/格斗属性能有效克制冰系和岩石系，而喷火龙Y形态的日照特性可大幅增强火系技能威力。需要注意的是Mega进化在战斗中仅能使用一次，因此要把握最佳发动时机。同时队伍中应当配备1-2只高速精灵处理紧急情况，家门鸟（烈箭鹰）或电系精灵（雷丘）都是可靠选择。
野生精灵的捕捉时机直接影响队伍成型速度。推荐在3号道路尽早捕获利欧路，其进化型路卡利欧是通关利器；5号道路的熊猫（顽皮熊猫）拥有格斗/恶双属性，能应对多种战斗场景；8号道路可捕获乘龙，优秀的水/冰属性组合能压制后期龙系对手。传说宝可梦如Z神（基格尔德）在剧情中段即可获得，但要注意其完全体形态需通关后才能解锁。培养时不必过度追求个体值，合理分配技能机资源更重要。
每只精灵建议携带2个本系技能确保输出，1个变化类技能（如剑舞、冥想）强化能力，以及1个补盲技能应对属性克制。秘传技能如冲浪、怪力等应当分散给不同成员承担，避免占用主力精灵的技能栏位。学习装置是本作重要道具，开启后全队共享经验能显著降低练级压力，但要注意关闭时机以免影响努力值分配。
后期队伍调整需关注冠军战的特殊需求。四天王分别使用水系、火系、钢系和龙系，冠军卡露妮的队伍则以妖精系为主。建议在通关前培养一只钢系精灵（如巨钳螳螂）应对妖精系，同时准备地面或岩石系技能处理火系天王。等级压制在本作效果显著，主力精灵保持在55级左右即可轻松应对最终战。通关后可根据个人喜好继续完善队伍，为二周目对战设施做准备。
