选择合适的口袋妖怪是通关的关键。初始御三家妙蛙种子、小火龙和杰尼龟各有优势，小火龙后期进化成喷火龙后拥有强大的火系和飞行系技能，适合应对多种战斗场景。妙蛙种子在前期对抗岩石系道馆时表现优异，而杰尼龟则在水系道馆和后期战斗中发挥稳定作用。建议根据个人战术偏好选择，但需注意属性克制关系。
游戏早期在常磐森林可捕捉皮卡丘，其电系技能对水系和飞行系敌人效果显著。月见山山洞中的皮皮和超音蝠也是值得培养的选择，皮皮可进化为皮可西，拥有较高的综合能力，超音蝠进化后的叉字蝠速度与攻击俱佳。尼多兰和尼多朗在尼比市周边出现，进化后的尼多王和尼多后能学习多样技能，覆盖地面、毒等属性。
中期在枯叶市可通过钓竿获取鲤鱼王，虽然初期战力低下，但进化成暴鲤龙后成为水系核心。华蓝市周边可收服伊布，利用火之石、水之石或雷之石进化为不同属性形态，适应队伍需求。游戏厅兑换的化石（菊石兽或化石盔）复活后能补充岩石或水系缺口，但需注意培养周期较长。
火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟分别位于灯火山、无人发电厂和双子岛，需准备相应属性抗性的队伍。超梦在华蓝洞窟底层，建议携带高等级催眠或麻痹技能的口袋妖怪提高捕获率。通关后通过七岛剧情可解锁丰缘御三家（木守宫、火稚鸡、水跃鱼），进一步扩展战术选择。
队伍搭配需平衡攻击、防御与速度属性，避免单一属性被针对。建议至少配备一名电系、一名水系和一名格斗系成员应对常见敌人。技能机如冲浪、攀瀑、闪光等需合理分配，以解决地图障碍和战斗需求。定期利用PC中心恢复状态，并善用道具提升捕捉与战斗效率。
